Taş Medrese 1472 yılında Fatih Sultan Mehmet’in vezirlerinden Mimar Ayaz Ağa’ya yaptırılan Gedik Ahmet Paşa Külliyesi’nin yapılarından biridir. Hamam ve camiye göre daha yüksek bir teras üzerine yapılmıştır. Medrese; cami gibi kesme tüf taş kaplı olup bir dershane, bir müderris odası ve bir sübyan(çocuk) okulu kısımlarını içine alan bir avlu etrafında 26 kubbeli bir binadır. Medrese, celali ve softa ayaklanmalarında harap olmuş ve ilk onarımı 1670 yılında yapılmıştır. Daha sonraları medrese işlerliğini yitirmiş ve Birinci Dünya Savaşında esirlere karargah olmuştur. 1928 yılından sonra müze olarak kullanılmaya başlanan medrese 1931 yılında içten ve dıştan sıvanmış, pencerelerinin demir parmaklıkları tamamlanmış, kubbeleri bakırla kaplanmıştır. Kültür Bakanlığı, Anıtlar ve Müzeler Genel Müdürlüğünce önceleri depo olarak, daha sonraları Türk İslam Eserleri Müzesi olarak kullanılan Taş Medrese; Afyon mutfak kültürünü tanıtmak, yaşatmak, geliştirmek ve sosyal ve kültürel etkinliklerde bulunmak amacıyla işletildi. Günümüzde Afyonkarahisar Belediyesi tarafından işletilen Taş Medrese’de, Taş Medrese’nin atölyelerinde yapılan yöresel el sanatları ürünlerinin satışı da yapılmaktadır.