1. Derece Doğal Sit Alanı olan ve Afyonkarahisar’ın İç Ege karasal ikliminden, Akdeniz iklimine geçiş çizgisinde bulunan Karakuyu Göleti önemli bitki zenginliğine sahiptir. Su kaynaklarının fazla oluşu, gölün kış aylarında donmasını engellemektedir. Gölün büyük bölümünde yetişen hasır otu, kamış, nilüfer ve birçok bitki türü, zengin florayı oluşturmaktadır. 1991 yılından itibaren bu bölgeyi keşfeden dikkuyrukların yanı sıra, ördek, turna, leylek, balıkçıl, sakar meke, uzun bacak, saz delicesi, yalıçapkını, angut, söğüt bülbülü, flamingo, kuğu gibi kuşlar bu bölgede konaklamaya başlamıştır. Güneydeki dağlarda ise kaya kartalları ve atmaca görülmektedir. Karakuyu Göleti’nin, kuş cenneti haline getirilmesi de önemli bir hizmet olmuştur. Son yıllarda göl içindeki saz ve kamışların kesilmeyerek çürümeye terk edilmesi su içindeki oksijeni azaltmıştır. Su içinde azalan oksijen, balıkların yaşamasını zorlaştırmaktadır.